实务中所称的“不征税发票”，源自于《国家税务总局关于营改增试点若干征管问题的公告》（2016年第53号）的相关规定。
《国家税务总局关于营改增试点若干征管问题的公告》（2016年第53号）第九条的第（十一）项规定：增加6“未发生销售行为的不征税项目”，用于纳税人收取款项但未发生销售货物、应税劳务、服务、非货币性资产或不动产的情形。
同时还规定：使用“未发生销售行为的不征税项目”编码，发票税率栏应填写“不征税”，不得开具增值税专用发票。
至今，编码6开头的“未发生销售行为的不征税项目”的下设子目，对应的商品和服务税收分类编码已有16项：
纳税人开具符合相关规定的上述“不征税发票”时并未发生销售货物、应税劳务、服务、非货币性资产或不动产的情形，对应的销售额自然也就无需在《增值税及附加税费申报表》及其附列资料中体现。
此外，《国家税务总局关于发布房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法的公告》（2016年第18号）第十条和第十九条规定，纳税人采取预收款方式销售自行开发的房地产项目，应在收到预收款时按照3%的预征率预缴增值税。
为此，房地产开发企业销售自行开发的房地产项目，开具编码为602“销售自行开发的房地产项目预收款”的“不征税发票”所取得的预收款，虽不需要在《增值税及附加税费申报表》及其附列资料中填报，但需在所属申报期填报《增值税及附加税费预缴表》及其附列资料，按3%预征率预缴增值税。
再则，《财政部 国家税务总局关于建筑服务等营改增试点政策的通知》（财税〔2017〕58号）第三条规定，纳税人提供建筑服务取得预收款，应在收到预收款时，以取得的预收款扣除支付的分包款后的余额，依规定的预征率（一般计税2%；简易计税3%）预缴增值税。
因此，提供建筑服务的纳税人取得预收款，开具编码为612“建筑服务预收款”的“不征税发票”时，对应的预收款虽不需要在《增值税及附加税费申报表》及其附列资料中填报，但需在所属申报期填报《增值税及附加税费预缴表》及其附列资料，按规定的预征率预缴增值税。
综上，“不征税发票”是纳税人收取款项但并未发生增值税应税行为而开具的发票，纳税人开具“不征税发票”后，除销售自行开发的房地产项目取得的预收款和提供建筑服务的纳税人取得的预收款，需通过《增值税及附加税费预缴表》及其附列资料做申报以外，其他的不征税项目所取得的对应款项，均不需要在所属申报期填报《增值税及附加税费申报表》及其附列资料。若系统出现与开票系统比对不一致的提示，纳税人可到主管税务机关进行处理。
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